In der zweidimensionalen Welt von Junk Jack X buddelt sich der Spieler durch Höhlen und Kavernen, um Rohstoffe und Schätze zu bergen, die man zur freien Gestaltung eigener Häuser oder zum Erstellen neuer Gegenstände benötigt. Dabei kreuzen Skelette und andere Wesen die Pfade des Spielers und Dimensionsportale laden zum Erkunden neuer Welten ein.